配偶者居住権は、その設定後、配偶者の死亡時や期間満了時において消滅します。その際、居住建物等はその配偶者居住権の消滅により価値を増加させることとなりますが、この価値増加に対して居住建物等の所有者は配偶者から相続税や贈与税の課税を受けることはありません。
一方で、配偶者居住権の設定期間中、所有者と配偶者の「合意」若しくは配偶者による「放棄」により対価が支払われずに消滅した場合は、原則として、贈与税が課税されることとなっていました。
令和2年度税制改正大綱においては、さらに、配偶者が受取った対価が「譲渡所得」による課税を受けることや、その際の取得費の考え方が明らかになりました。
（1）改正内容
配偶者居住権及び配偶者居住権の目的となっている建物の敷地の用に供される土地等を配偶者居住権に基づき使用する権利（以下「配偶者敷地利用権」という。）について、次の措置を講ずる。
①配偶者居住権又は配偶者敷地利用権が消滅等をし、その消滅等の対価として支払を受ける金額に係る譲渡所得の金額の計算上控除する取得費は、配偶者居住権の目的となっている建物又はその建物の敷地の用に供される土地等（以下「居住建物等」という。）についてその被相続人に係る居住建物等の取得費に配偶者居住権等割合を乗じて計算した金額から、その配偶者居住権の設定から消滅等までの期間に係る減価の額を控除した金額とする。
（注1）上記の居住建物等のうち建物の取得費については、その取得の日からその消滅等の日までの期間に係る減価の額を控除することとする。
（注2）上記の「配偶者居住権等割合」とは、その配偶者居住権の設定の時における配偶者居住権又は配偶者敷地利用権の価額に相当する金額の居住建物等の価額に相当する金額に対する割合をいう。
②相続により居住建物等を取得した相続人が、配偶者居住権及び配偶者敷地利用権が消滅する前に当該居住建物等を譲渡した場合における譲渡所得の金額の計算上控除する取得費は、その居住建物等の取得費から配偶者居住権又は配偶者敷地利用権の取得費を控除した金額とする。
（注）上記の居住建物等のうち建物の取得費についてはその取得の日から譲渡の日までの期間に係る減価の額を控除することとし、上記の配偶者居住権又は配偶者敷地利用権の取得費についてはその配偶者居住権の設定の日から譲渡の日までの期間に係る減価の額を控除することとする。
③収用等に伴い代替資産を取得した場合の課税の特例等について、居住建物等が収用等をされた場合において、配偶者居住権又は配偶者敷地利用権が消滅等をし、一定の補償金を取得するときは、その適用ができることとする。
（注）特例の対象となる上記の補償金の全部又は一部に相当する金額をもって取得する代替資産の範囲について所要の措置を講ずる。
④換地処分等に伴い資産を取得した場合の課税の特例の適用対象に、第一種市街地再開発事業等が施行された場合において、居住建物等に係る権利変換により施設建築物の一部等に配偶者居住権が与えられたときを加えることとする。
⑤その他所要の措置を講ずる。
（注）上記③及び④の改正に伴い、権利変換により、建物の賃借権を取得しなかった場合において一定の補償金を取得するとき及び施設建築物の一部等に賃借権が与えられた場合についても、これらの特例の適用対象となることを法令上明確化する。
（2）他の特例への影響
配偶者居住権そのものは第三者に譲渡することができないことから、配偶者居住権の途中消滅の際に配偶者が受取る金銭等についての譲渡の相手方は居住建物等の所有者になることが考えられます。
つまり、居住用不動産を譲渡した場合であれば3,000万円特別控除や税率軽減、買換え特例の適用可否が問題になりますが、そもそもこれらの特例には譲渡する相手に制限があるため、特例は利用できない可能性が考えられます。
（注）譲渡する相手が次のいずれかの者であるときは適用を受けられません。
①配偶者及び直系血族
②譲渡者と生計を一にしている親族
③居住用財産を取得した後、譲渡者と同居する親族
④譲渡者と事実上婚姻関係にある者及びその者の親族で生計を一にしている者
⑤譲渡者から受ける金銭などで生計を維持している者及びその者の親族で生計を一にしている者
⑥同族会社
また、居住建物等の所有者についても居住要件を満たさない限り、これらの適用を受けることはできないことにも注意が必要です。